Slovenská lekárska komora (SLK) je následníckou organizáciou lekárskej komory Rakúsko-Uhorska, predchádzajúcich lekárskych komôr ustanovených na území Slovenska počas existencie prvej Československej republiky (1929), Slovenského štátu (1942) a povojnovej Československej republiky v rokoch 1946, Zväzu slovenských lekárov, ktorý bol založený v roku 1969. Jeho činnosť bola ukončená v roku 1970 a znovuobnovená v roku 1990. Rozhodnutím lekárskeho stavu na pamätnom žilinskom zhromaždení jeho členov bol 26. januára 1990 roku zväz premenovaný na Slovenskú lekársku komoru.
Výsledkom koordinovaných snáh lekárskeho stavu bolo rozhodnutie Slovenskej národnej rady zo dňa 3. decembra 1991, kedy bol schválený spoločný zákon o Slovenskej lekárskej komore, Slovenskej komore zubných lekárov a Slovenskej lekárnickej komore, uverejnený pod č. 13/1992 Zbierky zákonov. Už momentom jeho prijatia začali snahy o revíziu najspornejších kompromisných častí, jeho prispôsobenie štandardným pomerom v krajinách Európskej únie – povinné členstvo, vedenie registra lekárov, vydávanie licencií a ďalšie úlohy. Výsledkom snažení lekárskeho stavu, rozsiahleho pripomienkového konania, prepracovania a zapracovávania najrôznejších pripomienok z dôvodu politickej priechodnosti bola verzia predložená na rokovanie parlamentu.
1. mája 2002 schválila NR SR Zákon o povolaní lekára, o Slovenskej lekárskej komore, o povolaní zubného lekára a Slovenskej komore zubných lekárov. Prijatím zákona sa aj na Slovensku stalo nevyhnutným to, čo je tak samozrejmé pre výkon lekárskeho povolania vo všetkých krajinách Európskej únie, povinné členstvo lekárov v profesijnej organizácii.
Zákon č. 578 z 21. októbra 2004 o poskytovateľoch zdravotnej starostlivosti, zdravotníckych pracovníkoch, stavovských organizáciách v zdravotníctve a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ustanovuje v § 50, že členstvo v komore je opäť dobrovoľné.